De 1957 jusqu’en 1962, les harkis sont des soldats musulmans engagés aux côtés de l’armée française dans des unités appelées harkas.Au sein même de l’armée française, ils totalisent 63 000 hommes en décembre 1961. Le ministère des Armées évalue à 4 500 le nombre des soldats musulmans morts pour la France, pendant la guerre d’Algérie, et à plus de 600 les disparus. Au total, durant cette guerre, l’armée française a inscrit dans ses registres 160 000 Harkis.
Les accords d’Évian ne prévoient aucune disposition particulière quant à la protection ou l’avenir.Les harkis sont désarmés par l’armée françaisen le Comité national de liaison des harkis survivants avance le chiffre de 150 000 harkis tués, et de 16 000 sauvés par leurs officiers français qui désobéirent aux ordres. Les massacres de supplétifs ont commencé dès mars 1962 et ont culminé à l’automne. Les autorités françaises ont été au courant des faits . Ces massacres sont dus à des règlements de compte, des vengeances mais aussi au zèle des « marsiens », ralliés FLN de la 25ème heure, voulant montrer leur patriotisme.
Au conseil des ministres du 25 juillet 1962, peu après l’indépendance de l’Algérie, lorsque Pierre Messmer, ministre des armées, déclare : " Il faut prendre une position de principe. ", de Gaulle répond : " On ne peut pas accepter de replier tous les musulmans qui viendraient à déclarer qu’ils ne s’entendront pas avec leur gouvernement ! Le terme de rapatriés ne s’applique évidemment pas aux musulmans : ils ne retournent pas dans la terre de leurs pères. Dans leur cas, il ne s’agit que de réfugiés" !. Le Premier ministre Pompidou ajoute alors : « Deux camps militaires ont été installés pour eux en métropole ; ils sont submergés. Ces gens ne veulent pas travailler… » et de Gaulle conclut « Il faut les mettre en demeure de travailler ou de repartir ». Et alors, selon Peyrefitte, plusieurs ministres baissèrent la tête.